第二阶段。“文化大革命”的十年是极“左”思潮泛滥的十年，对民族文化极尽摧残的十年。给中华民族的文化瑰宝一一气功和练气功的人扣上了“封建迷信”、“荒涎”、“荒唐”、“革命意志衰退”、“活命哲学”等等吓人的大帽子，甚至无限上纲上线，强加上“不革命”、“反革命”的罪名。在河北省会保定“文革”大批判中。因为涉及到“当权派”省长刘子厚和保定地委书记李悦农练气功的问题，所以批气功的声浪特别汹涌，并以此波及全省甚至全国。当时首当其冲的是五十年代气功的先进单位和先进人物。然而，从批判气功的时间上看，并不仅仅是起于于“文革”十年，实际上在“文革”之前，大批气功的“极左”之风就吹遍了气功领域；而气功界典型冤案的平反昭雪，则不少是在“文革”结束之后，由此可见，“左风”对气功界的压抑、破坏何其严重！
新中国气功事业的先驱者刘贵珍同志从1963年就挨整挨批了。挨整后被开除党籍降级撒职，到农场劳动改造。1980年才平反昭雪。刘贵珍1983年12月27日病故，享年仅63岁。
唐山气功疗养所的功绩被抹杀。搞气功成了搞封资修的罪行，气功疗养院的职工虽然也有“造反”两派，但都在1969年被清洁站接管，被派去扫大街掏厕所。气功疗养所的名义从此被撤销，疗养大楼调拔给其他单位占用，以后再也没有得到恢复。
北戴河气功疗养院的疗养业务停了好几年，气功活动停顿的时间更长。职工们没完没了地对气功进行批判。直到1978年党的三中全会以后才“苏醒”过来，逐渐恢复了气功活动。
上海气功疗养所也经受了同样的命运。在“左”倾思潮的冲击下，在“文革”前的1965年5月，上边“一声令下”，该所就被迫并入中医学院，实际上是被撤销了。
上海气功疗养所所长陈涛被迫离开了气功事业，调任龙华医院公费中医门诊部主任。在“文革”兴起后，对陈涛进行了残酷的批斗。 1968年3月27日被迫害致死，时年仅46岁；直到1978年12月才平反昭雪，死后十年才举行了追悼会。此外，还有三位气功开拓者受到严重迫害。
保定市委书记王觉练民气功遭迫害死里逃生。王觉民同志是个“老八路”，1942和1943年两次负伤，当时处于残酷环境，骨折未能接复，伤口长期化脓。久久不能愈合，罹下了满身疾病。建国后医疗条件有所好转，但长期因伤成疾的病症却未见好转。至1955年病势日趋严重：肺结核，胃肠病、喀血、严重的神经衰弱、长期失虑、精神萎靡、四肢无力，弱不禁风，卧床不起，濒于死亡边缘。在苦闷绝望中，他听说气功可治病强身，便先后拜访请教了当时的气功名家蒋维乔，刘贵珍、陈樱宁，学练了“因是子静坐法”、“强壮功”和“内养功”。由于刻苦学习，认真坚持修练，练功数月出现奇迹：被析磨十余年的全身痼疾先后消失，重返工作岗位；以充沛精力投人工作，并满腔热情地倡导气功。60年代初期任保定市委书记时、省、地、市的领导及一些干部群众找他教练气功。1960一1963年峨嵋十一世法师周潜川曾多次来保定，王和周一起练功并研讨练功中的问题。当时的省长刘子厚和保定地委书记李悦农都练了气功。1964年初有人向中央检举说周潜川是特务。是利用传授气功治病之名拉拢腐蚀领导干部，窃取国家和军队的机密。还说王觉民被周潜川腐蚀利用，起了周潜川起不到的作用。中央某领导人说，市委书记练气功，不务正业，荒唐。于是被列为中监委的专案审查对象。从1964年8月18日开始被撤职检查，并受到严重的纪律处分。1965年被通抱全国，1966年“文革”开始后，更是首当其冲的打击重点。拘禁、关押、日夜批斗、诽谤、陷害不断升级。 1967年4月25日在被关押中，造反派们以停食停水的酷刑进行惨无人道的迫害。7个昼夜未饮滴水，未食粒米。惨遭如此折磨，因他有练功的基础，幸免一死。在劳改期间，为了身体早日康复，他继续积极练功，到1974年宣布“解放”， 1981年12月23日才予平反，1981年9月原中央卫生部中医局吕炳奎局长在保定行署招待处礼堂庄严宣布：“中华全国气功科学研究会成立大会在保定召开，是为了给因练气功受迫害的王觉民同志平反”。在40多年的练功过程中王觉民既继承了前人的传统，也探索总结了一套练《静动气功》的方法，以此为书名的著作由山西科学技术出版社出版。王觉民同志是中国气功科学研究会第一届常务理事，河北省气功科学研究会第一、二届副理事长，保定市气功科研会会长、保定市气功医院院长。从1985年以来他先后应邀到20多个省、市传授气功医疗。还有来自美国、意大利、澳大利亚、加拿大、日本、印度尼西亚、菲律宾、泰国、台湾、香港等16个国家和地区的890名外宾专程来保定学练气功或治病，深受海外明友们的好评。有些学练气功的人，不仅恢复了健康，而且还学会了给他人治病，当了气功师。几年来这个医院接受治疗的病人有50000多次。其中不少脑血管后遗症、载瘫、心脏病、近视、癌症等患者，康复后重新走上了工作或学习岗位。
气功家周潜川被迫害致死。周潜川字笛横，四川威远人。 1908年生于书香世家。幼年熟读经史，又尝入教会学校学习西医和拉丁文、英文。后赴英、德学习军事工程，回国后在旧军队任医官， 1939年患大病，当时经名医多人医治无效，渐至卧床不起。后经峨眉山高僧永严法师医治病愈。遂投师永严法师。法师接以峨眉密传气功法及医术精要，赠以“镇健居士”法号。此为峨眉传统气功密术传于俗人之始，为峨眉气功广传于世开了先河。周先生多年行医于川、渐、沪等地，广交气功术士，并研读了中医及释道诸家气功经典著作，在功理功法上渐达高深境界。1958年，周应山西省政府邀请到太原，在省中医研究所进行人体经络、中医中药理论研究，同时传授峨眉气功功法。由于他精通英、德语，兼习梵文、拉丁文、藏文、广研中外各派气功源流经典，功理功法精梁广博，著述甚多，为后人留下了气功、医学著作37部，共250万字。如已出版的《气功药饵疗法与救治偏差手术》、《峨眉十二庄释密》、《峨眉天罡指穴法》。尚未出版者还有：《黄庭经详解》、《玄门四大秘钞》、《玄门九九八十一小》、《气功纠偏药疗法》等。他在著述中从经络论、气化论，脏象论等十一个方面全面透彻地阐述了气枣气功一一中医理论的关系。通过对《黄庭经》的详解，大大充实了养生学的理论，提出一系列养生方法，如动功的峨眉十二庄，静功的“三乘功法”及玄门大小等。在静功中，他根据传统各派功法的作用，分为周天搬运法、清静归一法和小炼形法，而根据功夫的深浅，又分为三乘功夫，炼气出偏，他以天罡指穴纠正，该法中的大、小、导引法亦可用于治病。在60年人他就对人体发光的气化现象提出了独到的见解，如今已为专家们的科学实验所验证。周先生在保定传功期间，曾让随省长在座的省委某副秘书长摸其背部，确有小鼠状气团在其背蠕动。
周潜川在“文革”前就陷入气功冤狱，倍遭迫害，是河北保定王觉民气功冤案的同案受害者， 1971年病逝于狱中。党的十一届三中全会以后，才得彻底平反。卫生部中医局局长吕炳奎在1985年全国鹤翔庄气功辅导员培训班时曾悦：周潜川是我国气功的一代代表人物，他的冤狱不能不说是我国气功发展史中的－个损失。
王伽林同志在“文革”动乱年代，在牢房构思、撰写了《气功学研究》。王伽林从事气功学的研究工作，是从1963年开始的。在“文革”动乱年代里，他不受派性斗争的干忧，孜孜不倦地继续进行研究，积累了200多万字的气功学研究资料。1968年11月11日王伽林受迫害被关进牢房，200多万字的资料被抄毁，这给他的科研工作带来了深重的灾难。但他并没有气馁，并没有放弃对气功学的研究。他在牢房中回忆记录整理，到1971年2月整理出40余万字资料。不幸的是这些资料又被看守人员抄走。1971年3月以无故受害被释放，回单位时归还的资料只剩下1O余万字。回到单位后，王伽林以惊人的毅力在10万余字的基础上第三次重起“炉灶”，到1977年终于撰写30多万字的《气功学研究》。
